He probado ambos, y puedo decirte lo siguiente:
Alchemist: Tienen una interesante variedad de builds a su disposición, puedes escoger desde poderosos o rápidos ataques físicos hasta ataques mágicos que, si bien no son tan potentes como los de las clases especializadas en magia, son lo suficientemente buenos como para entrenar tranquilo, sin contar la ayuda que brindan los distintos tipos de homúnculos, tanto así que incluso hay quienes prefieren dejar que la criatura haga todo el trabajo (aunque esto último no lo recomiendo… pero para gustos, colores).
Al renacer, esta rama de Merchant cuenta con un ataque muy destructivo, capaz de hacer daño (siempre neutral) a tu oponente con relación a su vit y a tu int, es muy útil para MvP o Woe. En cuanto al dinero, los Alchemist suelen gastar más que nada en embryos (o los materiales para hacerlos), buscando el homúnculo más cercano a sus expectativas. Con esta clase puedes ganar dinero creando pociones, bombas, y demases (como bien te dijeron arriba) o con los drops ganados al ir por MvPs
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Blacksmith: Mucha potencia física, gran velocidad de ataque y buen hit es lo que yo destacaría de esta rama, si bien, no son tan polifacéticos como sus contrapartes, resultan muy entretenidos y útiles, capaces de reparar las armas de sus compañeros y, después de renacer, capaces también de refinarlas. Poseen también una interesante variedad de dopes que catalizan sus capacidades física, y, en algunos casos, también las de sus compañeros de party.
Luego de convertirse en Rebirth, ganan una poderosa habilidad llamada Cart Termination, capaz de golpear con gran fuerza a una velocidad no despreciable, sin embargo, gasta un poco de dinero. Dada la habilidad anterior, hay también quienes usan este job para ir por MvPs sirviendo como repartidor de daño. Con este job puedes fabricar un buen número de armas y venderlas o usarlas para tu propio consumo.
Personalmente, prefiero el Blacksmith por encima del Alchemist, ya que no poseo suficiente paciencia como para entrenar al pj paralelamente al homúnculo, y me encanta la gran velocidad y poder de ataque que se puede alcanzar con un Blacksmith, pero esto queda a tu criterio.