Pues es la razón por la cual es distinta es:
Los servidores Custom que son Full BG tienen repositorios de eAthena y rAthena para hacer su propio source de código (eAmod) lo cual tiene un sistema completamente distinto y su desarrollo por obvias razones será estructuralmente muy diferente a lo que algún servidor Low puede ofrecer.
Si sabes la diferencia entre eAmod, rAthena y eAthena sabrás que no es una "Full actualización" simplemente al ser un código comercial (ya que tienes que pagar por el sistema eAmod) tendrá un mayor soporte que los gratuitos.