Llendo paso a paso, has probado las bocinas en otros equipos, pc, estereos , radio, etc... por descartar problemas con las bocinas.
Segundo, en algunos gabinetes podemos encontrar salidas frontales para el audio y el microfono, has probado en ellos, si esto es afirmativo en ambas conexiones frontales y posteriores presenta el mismo problema?
Si solo tienes salidas posteriores y damos por hecho que estan bien conectados y probando con otras bocinas o auriculares presenta el mismo problema, en este caso aun no podriamos desestimar un problema por alguna soldadura, cable, o material de fabricacion de la tarjeta madre.
Si por otra parte el problema inicio con la instalacion de una hardware o pensamos que asi fuera, probemos retirando dicho hardware, si es el disco duro y no tienes otro con el cual probar, prueba con una version cd-live de linux cualquier distribucion.
Con esto podrias sacarte de dudas que fuera algun problema en el hardware y de paso en lo correspondiente a drivers.